Вступление России в ВТО обойдется РЖД в 21 млрд. рублей ежегодных потерь выпадающих доходов. Это произойдет за счет унификации международных и внутренних ставок на перевозку нескольких типов грузов, в первую очередь — нефти и нефтепродуктов.

Компенсацию потерь компания намерена произвести за счет установления единых тарифов на 4 - 8% выше уровня внутрироссийских, но ниже международных. Федеральная служба по тарифам (ФСТ) пока окончательного решения не приняла, хотя о предстоящем в 2013 году повышении тарифов на грузовые железнодорожные перевозки в России на 7%  в августе сообщил премьер-министр России Дмитрий Медведев.

В настоящий момент существует разрыв ставок на перевозку грузов через сухопутные погранпереходы с внутрироссийскими, уточняет bfm.ru. По стандартам ВТО это является торговым барьером. Политику на сближение международных и внутренних тарифов ФСТ вела с 2006 года, и по большинству родов грузов ставки почти выравнялись. Однако по нефти и нефтепродуктам, продуктам неорганической химии и лесным грузам разрыв остается существенным, достигая 30%.

Унификация ставок должна произойти с 1 января 2013 года.